Un comité de pilotage mis en place par le Préfet maritime de la Manche et de la mer du Nord réunit l'ensemble des acteurs concernés par le site dont les organisations socio-professionnelles et de loisirs nautiques. Ce comité a pour rôle de participer à la préparation et mise en œuvre du document d'objectifs qui définit les préconisations de gestion nécessaires à la préservation durable des milieux et espèces marins d'intérêt communautaire concernés.
Après un diagnostic écologique du site et des différentes activités s'y exerçant, des mesures sont proposées au regard des enjeux de conservation durable des habitats et espèces d'intérêt communautaire ayant justifié la proposition du site Natura 2000, tout en tenant compte des exigences économiques, sociales et culturelles, ainsi que des particularités régionales ou locales. Pour ce faire, le comité de pilotage et l'opérateur local en charge de la rédaction du document d'objectifs pourront utilement s'appuyer sur les références technico-économiques pour les mesures de gestion des sites Natura 2000 en milieu marin concernant les activités de pêche, d'aquaculture et de plaisance.
S'agissant des différentes activités, plans, programmes, travaux ou projets d'aménagement, ils pourront avoir lieu au sein des sites pour autant qu'ils ne s'exonèrent pas des objectifs de conservation des sites. S'ils sont susceptibles d'affecter les enjeux Natura 2000 de façon notable, individuellement ou en raison de leurs effets cumulés, ils devront faire l'objet d'une évaluation de leurs incidences sur les habitats et espèces d'intérêt communautaire ayant justifié les sites. Dès lors, les porteurs de projets pourront s'appuyer sur les guides méthodologiques élaborés à l'échelon national :
Guide pour l'évaluation des incidences des projets d'extraction de granulats marins sur les sites Natura 2000 (en cours) ;
Guide sur l'évaluation des incidences des dragages des chenaux de navigation et des immersions sur l'état de conservation des sites Natura - GEODE / BCEOM, août 2007 - (volet clapage en site Natura 2000 marin en cours de rédaction) ; guide sur l'étude d'impact des projets éoliens (volet mer en cours de rédaction) ;
Guide sur l'évaluation des incidences des projets de création et d'extension de ports de plaisance et de sites de mouillages organisés (en cours).
La pérennisation de l'ensemble des activités et de certaines missions régaliennes (activités de défense, d'assistance et de sauvetage, de prévention et de lutte contre la pollution et de police en mer) sont inclus dans la démarche Natura 2000 afin de trouver le bon équilibre entre le maintien ou le rétablissement.