Habitats et espèces

Les sites Baie de Seine orientale et Littoral augeron concentrent des enjeux écologiques importants vis-à-vis des habitats sédimentaires très productifs et supports de nombreuses fonctionnalités (nourriceries, sites d’alimentation et de repos, passage migratoire …), ainsi que des espèces qui fréquentent ces sites : avifaune (hivernante ou de passage notamment), phoque veau-marin, marsouin commun et poissons migrateurs amphihalins pour les principaux. Cette section présente un aperçu de cette diversité. Pour plus de détails vous pouvez consulter le Tome 1 du DOCOB de ces sites.

Tableau 1 : Tableau récapitulatif des principaux habitats et espèces observés sur les sites

Habitats marins

La carte des habitats marins construite à partir des données sur la nature et la morphologie des fonds et sur les peuplements biologiques illustre la présence de trois habitats génériques :

• 1110 Bancs de sable à faible couverture permanente d’eau marine, couvrant la quasi-intégralité de ce site situé en subtidal ;
• 1160 Grandes criques et baies peu profondes : les caractéristiques de cet habitat sont identifiées sur ¾ du site, en recouvrement avec l’habitat 1110.
• 1170 Récifs, présent à la côte en marge sud- ouest du site et exploré au travers de plongées et de vidéos. Cet habitat est marginal et non représentatif à l’échelle du site, c’est pourquoi il n’a pas été retenu pour la désignation du site.

Figure 1 : Cartographie détaillée des habitats élémentaires de la ZSC Baie de Seine orientale

Les peuplements de sables envasés : 

Un enjeu prioritaire est identifié sur cet habitat qui présente de fortes densités en invertébrés (bivalves Abra alba et nucules, vers Owenia fusiformis et Melinna palmata) enfouis et en épifaune (échinodermes, crustacés, mollusques, poissons plats).

Des secteurs d’envasement apparaissent de manière récurrente au niveau de l’embouchure ainsi qu’à la côte entre Ouistreham et Dives, même si leurs localisation et délimitation varient selon les saisons et les années. Ils se caractérisent par des densités d’invertébrés très importantes, contrastant avec des densités relativement faibles, notamment au niveau de l’embouchure de l’estuaire de la Seine du fait de l’influence dessalée. 

Ce sont donc des habitats très productifs qui constituent des nourriceries pour les juvéniles de poissons (sole, plie, limande, bar …) et des zones d’alimentation pour les poissons, oiseaux et mammifères marins (phoques).

Les peuplements de sables fins à moyens légèrement envasés : 

La faune benthique présente est moyennement diversifiée et abondante (mollusques, vers Owenia, Magelona, Melinna palmata). La faune au-dessus des sédiments est très dense avec de nombreux échinodermes, des crabes et le gastéropode Nassarius reticulatus. Les poissons sont bien représentés en particulier le dragonnet, le tacaud commun, la limande et la petite sole jaune. Cet habitat constitue une zone d’alimentation pour les oiseaux et les juvéniles de poissons plats.

Des bancs d’Ophiures ont été observés dans des secteurs où le sédiment était un peu plus grossier. Ces bancs ne constituent pas un habitat à enjeu particulier au sein de N2000.

Les peuplements de sables grossiers plus ou moins envasés : 

Ces fonds abritent une faune très diversifiée mais moins abondante. On y retrouve des vers tubicoles (Lumbrineris, Terebellides), des hydraires, des crustacés, des gastéropodes, de nombreux bivalves (nucule, dentale) et des échinodermes.

Les peuplements des substrats rocheux :

En raison de son caractère ensablé et de la turbidité importante, le peuplement de cet habitat est largement dominé par la Sargasse Sargassum muticum, qui est une espèce envahissante. 

Il existe une très faible diversité, tant pour la flore que pour la faune : présence de quelques rhodophytes filamenteuses et très localement de Saccharina latissima, de l’étoile de mer, de crustacé et ponctuellement d’hydraire ou d’éponge.

Tableau 2 : Caractéristiques des principaux habitats marins sédimentaires

Pressions et menaces :

• Dégradation de la qualité des eaux : apports en nutriment (phosphore/azote), apport de matière en suspension (turbidité), pollution accidentelle par l’hydrocarbure et les micropolluants ;
• La pêche professionnelle : tout engin de pêche remorqué au-dessus des fonds altère, à divers degrés, le substrat et les communautés s’y développant ;
• L’immersion de sédiments peut avoir des effets directs ou indirects : variations bathymétriques, modification de la nature sédimentaire, appauvrissement trophique, … ;
• L’introduction d’espèces (crépidules, sargasse, crabe sanguin, couteau américain) ;
• Les travaux maritimes : câbles sous-marins (obstructions, abrasions, destruction directe de l’habitat, …) ;
• Évolution climatique ;
• Perturbations naturelles.

Tableau 3 : Synthèse des habitats élémentaires (Sources : Cartham – In Vivo, experts, MNHN)

Objectif à long terme sur les habitats :               
→ Maintien de la fonctionnalité et de l’intégrité des fonds meubles notamment des habitats envasés à légèrement envasés.

Espèces

Les poissons amphihalins

5 espèces de poissons amphihalins présentes en baie de Seine sont d’intérêt communautaire (listées en annexe 2 de la DHFF) : la grande alose, l’alose feinte, le saumon atlantique et les lamproies marine et fluviatile. Historiquement très présentes en baie de Seine, ces espèces ont considérablement régressé du fait de l’aménagement des cours d’eau, de la dégradation de la qualité des eaux et des habitats et de la pêche.               
Peu de données existent sur ces espèces en raison de leur faible abondance et fréquence d’observation et de l’inefficacité ou inadéquation de la plupart des techniques de pêches scientifiques pour leur capture. Néanmoins des cartes de répartition en mer ont été produites en 2023 sur la base des observations, déclarations de captures, qui permettent d’améliorer la connaissance sur l’utilisation du site par ces espèces. 

Les lamproies :

Les populations normandes de lamproie marine de certains fleuves (Seine, Vire) accueillent une part importante de la population nationale. Après une période de quelques années plutôt favorable en termes de passages migratoires dans la Seine, les effectifs comptabilisés à Poses tendent à chuter depuis 2016. Cela rejoint les tendances observées dans la plupart des pays européens (Finlande, Suède, Royaume-Uni, Allemagne, Danemark, Espagne) où la lamproie marine est rare et/ou en danger critique d’extinction et la dernière évaluation UICN France où elle est classée en danger critique.

Très peu d’informations sont disponibles sur la lamproie fluviatile, mais elle est observée sur l’Orne et la Seine (avec de très forts effectifs certaines années). Dans l’état actuel des connaissances, la Manche présente des populations de petite taille par rapport à la sous-région marine (SRM) Atlantique. Cette espèce est classée vulnérable sur la liste rouge France.

Le Saumon atlantique :

En ce qui concerne le saumon atlantique, 90% de la population mondiale sont présents sur trois pays : la Norvège, l’Islande et l’Ecosse. Les populations françaises sont marginales pour cette espèce et montrent une plus grande fragilité que celles d’Europe du nord (Bretagne Grands Migrateurs). Au niveau national, les cours d’eau de Baie de Seine présentent des effectifs non négligeables (plus de 1% pour la Vire et l’Orne et de 5‰ pour la Seine), quoique faibles en regard des fleuves normands de l’ouest et bretons, en baisse depuis 2013 sur la Seine. Le maintien de ces populations est un enjeu patrimonial, pédagogique (espèce « médiatique ») économique (pêche professionnelle) et culturel (pêche de loisir)..

Les aloses :

Les fleuves normands accueillent les populations fonctionnelles de grande alose les plus septentrionales d’Europe et leur maintien est indispensable dans une optique d’une reconquête de l’aire de répartition de cette espèce. La Seine et l’Orne sont représentées par des petites populations de quelques centaines d’individus, avec un enjeu qui a fortement augmenté sur la Seine depuis 2019 avec la mise en service d’une nouvelle station de contrôle des migrateurs au niveau de Poses. L’augmentation des effectifs d’aloses en Manche-Mer du Nord (et le récent retour en mer d’Irlande) pourrait être lié au réchauffement des eaux avec une remontée vers le nord de l’espèce et/ou à des facteurs locaux comme le rétablissement de la continuité écologique. La grande alose a été classée en danger critique d’extinction sur la liste rouge France lors de sa révision en 2019.

Moins sensible que la Grande Alose, l’alose feinte conserve une aire de répartition étendue allant de l’Allemagne au Maroc. Les principales populations présentes en Manche-Mer du Nord sont observées sur les secteurs des Baies des Veys et du Mont St-Michel. Les connaissances sont plus éparses sur cette espèce qui est mal captée par les stations de contrôle des migrateurs ; en effet cette espèce se reproduit en zone estuarienne, en aval des stations de contrôle. Mais la Seine est l’un des seuls fleuves français de la façade Manche où sa présence est encore attestée (André et al., 2018), et l’amélioration des connaissances en mer (modèles de répartition en mer) permet d’illustrer une fréquentation très forte de la Baie de Seine.

Pressions et menaces : 

En rivière (principalement) :

• Aménagement des cours d’eau (notamment obstacles à la migration) ;
• Destruction des zones de frai ;
• Dégradation de la qualité de l’eau.

Dans les milieux marin et estuarien :

• Pêche accidentelle ou ciblée ;
• Aspiration lors des opérations de dragages.

Pour y remédier :

• En estuaire, la pêche est réglementée par des arrêtés du préfet de région en conformité avec le plan de gestion des poissons migrateurs (PLAGEPOMI) ou bien par des licences pour les professionnels. 
• Dans les sites N2000, des réserves peuvent être mises en place.
• Dans les rivières, des taux admissibles de captures sont mis en place sur certaines espèces.
• Une analyse de risque de porter atteinte aux objectifs de conservation doit être menée vis-à-vis des activités de pêche professionnelle d’ici 2026, qui permettra d’évaluer le niveau de risque de captures accidentelles vis-à-vis des engins les plus impactant et de proposer le cas échéant des mesures de gestion réglementaires.

L’amélioration des connaissances des populations et des captures de poissons amphihalins est un des objectifs de plusieurs documents cadre sur ces espèces (stratégie nationale sur les poissons migrateurs, PLAGEPOMI Seine-Normandie, Plan français pour le saumon, Document stratégique de façade Manche Mer du Nord). C’est également un des objectifs visés par le document d’objectifs : approfondir nos connaissances sur leur écologie en mer et nos connaissances sur les populations et les captures d’amphihalins.

Tableau 4 : Synthèse et hiérarchisation des enjeux des poissons amphihalins

Objectifs à long terme sur les poissons amphihalins :               
→ Réduction des captures d'amphihalins en estuaire et en mer ;               
→ Restauration de populations fonctionnelles normandes et reconquête du bassin de la Seine qui fut un fleuve très important.

Les mammifères marins

Les pinnipèdes

Deux espèces de phoques sont sédentaires en Manche : le phoque veau-marin et le phoque gris. Ces deux espèces qui avaient quasi-disparu en France du fait de la chasse dont elles ont fait l’objet, recolonisent depuis une vingtaine d’années leur ancienne aire de répartition. La présence au niveau des estuaires de la Seine et de l’Orne, jusque là irrégulière, se sédentarise. Les deux colonies les plus proches sont celle de Baie des Veys qui ne compte que des phoques veaux-marins et celle de Baie de Somme qui accueille les deux espèces. Ce sont par ailleurs les deux principales colonies françaises pour le phoque veau-marin. Nous observons une augmentation des effectifs, y compris sur l’estuaire de la Seine, et des naissances sur toute la façade.

Les phoques veaux-marins ont un rayon d’action relativement limité (rayon de 15km pour la baie des Veys) mais le site est fréquenté par les individus observés sur les estuaires de l’Orne et de la Seine. Les phoques gris sont quant à eux beaucoup plus mobiles ; certains individus marqués en baie de Somme ont été jusqu’en Écosse.

Les pinnipèdes en estuaire de Seine

• Le phoque veau-marin : 

Un nombre maximal de 4 individus était recensé sur le site entre 2004 et 2011. C’est à partir de 2012 que l’on observe un changement à l’échelle des observations en termes de fréquence d’observation mais aussi de nombres d’individus observés simultanément, atteignant 19 en 2020. 

La tendance à la hausse d’évolution des observations de cette espèce sur le site et la colonisation de zones de reposoir de plus en plus étendues semblent attester de la bonne santé de cette population en expansion ; même si le site ne constitue pas une zone de reproduction.

• Le phoque gris : 

Le phoque gris n’a été observé que 8 fois entre 2011 et 2014, avec des individus isolés, témoignant une fréquentation sporadique de l’espèce sur le site. Depuis 2015, le nombre d’observation tend à augmenter, avec une répartition spatiale indiquant la cohabitation des deux espèces. Il atteint 65 individus en septembre 2023.

Les cétacés 

En baie de Seine, les suivis standardisés réalisés en hiver révèlent la présence de marsouin commun ; ces suivis ne permettent, en revanche, que de très rares observations de grands dauphins.

• Le marsouin commun :

Le marsouin commun a une préférence pour les eaux peu profondes. Sa distribution est plutôt côtière en été, et au large en hiver.

Au niveau local, tous les suivis réalisés (SCANN, étude macreuse, PACOMM, RNE) confirment la présence du marsouin en baie de Seine et l’augmentation de ses effectifs ces dernières années. Les effectifs observés sont maximaux au printemps.

Les connaissances sur l’écologie en mer du marsouin commun et sur les zones fonctionnelles utilisées par cette espèce sont très peu développées.

• Le grand dauphin :

En baie de Seine, les suivis standardisés (réalisés en hiver) n’ont pas permis d’identifier de grand dauphin. Les observations opportunistes révèlent en revanche une présence estivale de grand dauphin en baie de Seine orientale.

Pressions et menaces :

• Captures accidentelles ;
• Emission de bruits ;
• Dérangements ;
• Pollutions chimiques.

Tableau 5 : Synthèse et hiérarchisation des enjeux des mammifères marins

Objectifs à long terme sur les mammifères marins :               
→ Maintien de la fonctionnalité et de la capacité d’accueil de la baie de Seine orientale pour les mammifères marins ;               
→ Réduction des sources de mortalité de mammifères marins en mer.

Les oiseaux marins

Située au cœur de l’axe de migration est-Atlantique, la Baie de Seine occidentale représente un site majeur pour les oiseaux marins. Les différentes espèces ne sont pas toutes présentes au même moment selon leur cycle biologique. On distingue alors :

• Des espèces sédentaires présentes en toutes saisons ;
• Des hivernants présents en hiver et nichant plus au nord ;
• Des estivants présents au printemps et en été et hivernant plus au sud ;
• Des migrateurs stricts rencontrés uniquement lors des migrations de printemps et d’automne. 

Parmi les nombreuses espèces qui fréquentent le site Natura 2000 de façon plus ou moins régulière, 34 espèces ont été retenues dont 11 inscrites à l’annexe I : 

1. Eider à duvet               
2. Fou de Bassan               
3. Fuligule milouinan               
4. Goéland argenté               
5. Goéland brun               
6. Goéland cendré               
7. Goéland leucophée               
8. Goéland marin               
9. Grand cormoran (côtier)               
10. Grand Labbe               
11. Grèbe esclavon               
12. Grèbe huppé               
13. Grèbe jougris               
14. Guifette noire               
15. Guillemot de Troïl               
16. Harle huppé               
17. Labbe parasite               
18. Labbe pomarin               
19. Macreuse brune               
20. Macreuse noire               
21. Mouette de Sabine               
22. Mouette mélanocéphale               
23. Mouette pygmée               
24. Mouette rieuse               
25. Mouette tridactyle               
26. Pingouin torda               
27. Plongeon arctique               
28. Plongeon catmarin               
29. Puffin des anglais               
30. Puffin des Baléares               
31. Sterne arctique               
32. Sterne caugek               
33. Sterne naine               
34. Sterne pierregarin

De la fin de l’été au début du printemps, la Baie de Seine orientale est fréquentée par de nombreuses espèces avec un pic des effectifs durant la période hivernale. Sa situation abritée des vents dominants d’ouest et les faibles profondeurs permettent le repos et l’alimentation de nombreuses espèces.

Au cours de la période internuptiale, on distingue différentes sous-périodes. Voici leurs définitions et les données qui permettent de les caractériser :

• L’hivernage et l’estivage désignent des stationnements d’assez longue durée lors des mois d’hiver et d’été ;
• Les haltes migratoires constituent des arrêts de plus courte durée au cours des migrations (quelques heures à quelques jours) répondant à un besoin de repos et/ou d’alimentation ;
• Les migrations désignent les mouvements d’oiseaux sans que l’on sache si ces derniers s’arrêtent sur le site ou non. Elles sont suivies via les guets à la mer principalement de juillet à décembre ;
• Le site revêt une importance nationale en hivernage pour les macreuses noire et brune, les plongeons arctique et catmarin, le grèbe huppé, les alcidés (pingouin torda et guillemot de troïl), et la mouette tridactyle. Les enquêtes grèbes plongeons menées par le GONm (hivers 2001-2002 et 2011-2012) ainsi que les survols réalisés en hiver (PACOMM, SAMM ?) confirment l’importance du site. Les macreuses et les grèbes sont surtout présents près de la côte tandis que les plongeons sont davantage observés au-delà des 1 milles.

Certaines espèces fréquentent le site en estivage, pour s’alimenter notamment, (sternes caugek et pierregarin, fou de Bassan, goéland marin) ; ou en période postnuptiale (le grand labbe, mouette pygmée).

A noter que le littoral augeron n’est pas un site de reproduction pour l’avifaune marine, mais des grands cormorans nichent à proximité (marais de la Dives) et fréquentent le site pour s’alimenter.

Il est donc important d’assurer pour ces espèces une disponibilité suffisante des ressources alimentaires et une sécurité vis-à-vis des causes de mortalité (notamment vis-à-vis des hydrocarbures, des macrodéchets et des captures accidentelles).

Pressions et menaces :

• Pollution des eaux marines et dégradation du milieu marin : hydrocarbures, chimiques, compétition trophique, pêche, … ;
• Évolutions climatiques : température de l’air, de l’eau, fréquence et intensité des vents ;
• Autres pressions et menaces : captures accidentelles, implantation de parcs éoliens, mortalité par tir, modification et perturbation de leurs habitats et dérangement.

Tableau 6 : Synthèse et hiérarchisation des enjeux pour les oiseaux marins

Objectifs à long terme sur les oiseaux marins :               
→ Maintien des ressources alimentaires nécessaires à l’avifaune ;               
→ Réduction des sources de mortalité d’oiseaux en mer, notamment celles liées aux pollutions d’origine marine (hydrocarbures et macrodéchets).